電子信息工程系是巴音郭楞職業技術學院精心籌措下組建的一個頗具實力的教學實體，是學院最大的一個系，現有學生1200人。主要擁有計算機、電子、通訊三大類共10個專業。電子信息工程系的教學設施主要有電子綜合實訓大樓（6層）一座、10M網通寬帶網、學生計算機機房（17寸顯示器\P42.6\80G\256\64M顯存共800臺）、多媒體語音室，為增強學生動手能力還設有計算機網絡實驗室、計算機級裝實驗室、計算機接口實驗室、單片機實驗室、電子技術基礎實驗室、電工原理實驗室、通信控制實驗室。現有計算機、電子類本科學歷的專業教師34名，在全疆高校計算機調試大賽32個代表隊中，系榮獲第三名，并有一個教師代表新疆參加全國的計算機的調試大賽，并獲得了國家信息產業部王旭東部長的接見。