南通航運職業技術學院積極為學生繼續深造創造條件，學生升學渠道暢通，可通過“專升本”、“專轉本”、“專接本”等形式進入本科院校學習。學院與大連海事大學、上海交通大學、南京財經大學、南京林業大學、南京信息工程大學、揚州大學、南京藝術學院等本科院校開辟了專本對接通道，學生在校期間即可參加本科階段的學習，成績合格者可獲得對接高校頒發的畢業證書，符合學士學位授予條件的可獲得學士學位。